党政管理机构：

党委办公室

学院办公室、外事办公室

组织部、统战部

宣传部

纪委办公室、监察处

人事处

教务处

科技处

医院管理处

学生工作部（处）、团委

保卫处（武装部）

财务与资产管理处

审计处

离退休干部工作处

设备处

后勤基建处

工会

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教学机构：

研究生学院

基础医学院

第一临床医学院、附属医院

第二临床医学院、附属松山湖医院

医学检验学院

护理学院

药学院

公共卫生学院

人文与管理学院

信息工程学院

继续教育学院

社会科学部

体育教学部

外语教学部

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教辅机构：

图书馆

教育技术与信息中心

学报编辑部

实验动物中心

分析中心

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研究机构：

广东天然药物研究与开发重点实验室

医学教育研究所

学校发展研究中心

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其他：

东莞校区机关党委

湛江校区机关党委